民間傳說，當年鄭成功力收復臺灣，籌造戰(zhàn)船時，因運輸困難，急需木材，臨時向青礁"東宮"拆借兩殿木料，并請匠人在"東宮"依樣塑造吳真人金身，祈請壓陣助戰(zhàn)，許愿"收復臺灣后重建故宮"。臺灣收復后，鄭成功軍隊便在學甲鎮(zhèn)鄭軍登陸處，修建一座仿如青礁吳真人廟的"慈濟宮"，供奉隨軍壓陣的吳真人全身。因此，學甲鎮(zhèn)慈濟宮，便成為臺灣第一座保生大帝廟。

作為吳真人本源之地的廈門，信奉保生大帝的自然非常之多。據(jù)清道光間《廈門志》所載，廈門單獨奉祀保生大帝的廟宇雖然只有吳厝巷壽山宮、橋仔頭玄妙宮、馬柱青龍宮、后蓮鰲山宮4座，但同時奉祀天后和吳真人的宮府卻達23座之多。考慮到清廷對媽祖的大力推崇，估計有一些宮廟，原本是只奉祀保生大帝，后來在官方的鼓吹下，才一道供奉媽祖。如西門外的慈濟宮，也是同時奉祀?yún)钦嫒撕蛬屪娴?。但從宮名可以看出，原先必是保生大帝廟，媽祖當是后來才擺進去的。

對保生大帝的信仰，在臺灣民間同樣非常流行。這大約同開臺初期，瘴癘多，得病后缺醫(yī)少藥，只有求助于保生大帝的情況，有相當?shù)年P系。近年來，臺灣的保生大帝信眾常常組織進香團，在農(nóng)歷三月十五日吳真人誕辰慶典時，來廈門青礁慈濟官謁祖進香。青礁慈濟宮在政府撥款和臺胞捐助下，重修一新，并且成立了"吳真人研究會"。吳真人信仰和媽祖信仰，已經(jīng)成為凝聚臺灣同胞，海外僑胞的文化象征，而湄洲和青礁、白礁，也成為他們認祖歸宗的朝圣地。