在分靈習俗特別旺盛的臺灣，媽祖信仰因為分靈與進香等宗教活動，形成特殊的層級譜系。分靈系指地方新建廟宇，或者信徒欲在自宅供奉某一尊神明時，先到歷史悠久、神跡靈驗的大廟去求取神明的靈力。經(jīng)過特殊的儀式之后，新塑的神像被視為祖廟神明的分身，具有相同的靈力，但是每年必須重新回到祖廟來進香、刈火，方能保持靈力不衰。分靈習俗并非媽祖信仰獨有，但其影響力以媽祖最鉅。

在臺灣，大凡歷史較為悠久的媽祖廟，都會成為鄰近地區(qū)媽祖廟和信徒自宅供奉媽祖的祖廟，層層分靈傳布出去后，形成一個蛛網(wǎng)密布的信仰系統(tǒng)，并且透過熱鬧的進香、刈火儀式，強化信仰的深度。信徒們也普遍相信，層級較高的媽祖廟，其神力靈感也較為強大(這個情況在其他地區(qū)則較不明顯)。

因為這樣的層級觀念，臺灣許多媽祖廟對于自身在層級中的地位錙銖必較，民國四十年代(1950年代)以后，臺灣的各大媽祖廟之間開始有誰才是“開臺媽”的爭論。只要是規(guī)模較大的媽祖廟，無不在山門上大書“開基媽祖”或“開臺媽祖”，標榜自己的香火乃是直接從福建湄洲祖廟而來。

1990年代，在兩岸交流開放以后，臺灣許多媽祖廟蜂擁前往福建湄洲島進香，并捐款興建殿宇。這使得媽祖廟和“媽祖遺跡”已經(jīng)在文化大革命中被破壞殆盡的湄洲島，重新迅速興建了大量豪華的宮殿、參道和牌樓。

這種對于“祖—從”關(guān)系的爭論，有時還會造成宮廟之間的不睦。但對于信徒來說，宮廟之間的爭執(zhí)并不造成信仰上的差別。隨著媽祖信仰的影響力提升，各重要媽祖廟舉辦的宗教活動，往往成為強力的社會動員，乃至于沾染上政治色彩。

清朝歷史學家趙翼記下了一個很有趣的臺灣海峽的媽祖?zhèn)髡f。若遇海難向神明呼救時，稱“媽祖”，媽祖就會立刻不施脂粉來救人。若稱“天妃”則媽祖就盛裝打扮，雍容華貴地來救人，所以會很晚才到。故海上都稱“媽祖”，不敢稱“天妃”，希望媽祖立刻來救海難中的漁船。而臺灣的媽祖?zhèn)髡f，大概都是媽祖用裙擺擋下第二次世界大戰(zhàn)的美軍空投炸彈。二次大戰(zhàn)期間，盟軍丟兩顆炸彈在大甲街上，一顆炸毀火車站一帶;一顆未爆彈落在媽祖廟旁的市場邊，當時鎮(zhèn)殿媽祖的雙手是張開的，民間流傳是鎮(zhèn)殿媽祖顯靈接炮彈，才使鎮(zhèn)瀾宮城內(nèi)一帶沒有受到炸彈損傷，云林西螺、屏東萬丹萬惠宮也有相似的傳說。

也有媽祖讓孩童起死回生等傳說。北港朝天宮、大甲鎮(zhèn)瀾宮、彰化南瑤宮、新港奉天宮都有媽祖顯靈讓兒童死而復活的神跡，傳說大意是：有一女性香客背著兒子(或曰孫子)一同前往，在進香途中其子(或?qū)O)因中暑突然暴斃，女香客不得已只得暫時將其尸體放置在廟后草寮中(或曰樹林下)，待進香返回時再做處理。不料回程時竟遍尋不到其尸首，女香客無可奈何只得趕回家中，待其返抵家門，竟見其兒(或?qū)O)正在門口游玩。詢問其經(jīng)過，孩童說是有一位阿姨帶他回家，乃知是媽祖顯靈讓小孩死而復活。眾所皆知，人死當然不能復生，此一神跡乃表示媽祖之神通廣大，能使死者復活。