對(duì)秦良玉巾幗不讓須眉的英勇行為，大明總督李化龍大為嘆異，命人打造一面銀牌贈(zèng)與時(shí)年26歲的秦良玉，上鐫“女中丈夫”四個(gè)大字，以示表彰。

攻下鄧坎后，剿匪大軍剩勇追寇，接著又順利地拿下了桑木、烏江、河渡三關(guān)，直達(dá)播州外圍的婁山關(guān)。婁山關(guān)是播州城外的一道天然屏障，山勢(shì)高峻險(xiǎn)要，僅一條小路通過(guò)關(guān)口，可謂是“一夫當(dāng)關(guān)，萬(wàn)夫莫開(kāi)”之地。婁山關(guān)由于道路狹窄，無(wú)法通過(guò)大批兵馬，只宜智取，不宜強(qiáng)攻，秦良玉便幫丈夫定下了一個(gè)巧取的方案。這天凌晨，秦良玉與丈夫馬千乘雙騎并馳，沿正路攻向關(guān)口，只見(jiàn)兩桿長(zhǎng)矛上下翻飛，擋關(guān)的敵兵一一倒下，而后上的援兵也無(wú)法一擁而上。當(dāng)秦良玉夫婦并肩血戰(zhàn)、而敵兵越聚越多時(shí)，幾千白桿軍突然從關(guān)口兩側(cè)包圍過(guò)來(lái)，敵兵猝不及防，紛紛作鳥(niǎo)獸散。攻下婁山關(guān)后，叛軍失去了護(hù)身符，剿匪大軍一鼓作氣，攻陷了叛軍據(jù)點(diǎn)播州城，楊應(yīng)龍全家自焚而死，這場(chǎng)曠日持久的叛亂終于偃旗息鼓、灰飛煙滅了。

平叛后論功行賞時(shí)，石柱白桿兵戰(zhàn)功卓著，被列為川南路第一有功之軍，秦良玉初次參加大戰(zhàn)，立下汗馬功勞，除受到重獎(jiǎng)外，“女將軍”的英名遠(yuǎn)播四方，聞之者無(wú)不肅然起敬。

萬(wàn)歷四十一年（1613年），秦良玉丈夫馬千乘死于獄中?！睹魇贰酚涊d說(shuō)，石柱部民狀告馬千乘，明廷把他逮入云陽(yáng)獄，不久馬千乘病死其中。但他真正的死因，其實(shí)是北京萬(wàn)歷帝派來(lái)的監(jiān)稅太監(jiān)丘乘云向石柱索取賄賂，馬千乘自恃于朝廷有功，不予。這下可羞惱了丘公公，他指使手下捏造罪名，把馬千乘逮捕入獄，活活折磨而死，年僅41歲。

馬千乘冤死于獄中后，朝廷仍保留了他家石砫宣撫史的世襲職位。而這時(shí)馬家的繼承人馬祥麟年齡尚幼，朝廷鑒于秦良玉作戰(zhàn)有功，文武兼長(zhǎng)，所以授命她繼任了丈夫的官職。

秦良玉毅然接過(guò)丈夫遺留下來(lái)的千斤重?fù)?dān)，來(lái)完成丈夫未竟的事業(yè)，繼續(xù)訓(xùn)練白桿兵，管理石砫民眾，盡心盡力，盡職盡責(zé)。

明神宗萬(wàn)歷末年，滿人崛起于東北的白山黑水之間，以努爾哈赤為汗，建立后金，公然叛明。明神宗調(diào)集八萬(wàn)大軍征邊應(yīng)敵，卻不料出師不利，八萬(wàn)大軍幾乎全軍覆沒(méi)。

遼東情勢(shì)危急，直接威脅著大明之都北京城的安全。朝廷急調(diào)全國(guó)兵馬赴援，秦良玉此時(shí)已經(jīng)46歲了，仍然親自率領(lǐng)3000名白桿兵，連同自己的哥哥、弟弟、兒子，日夜兼程北上衛(wèi)邊，為國(guó)效力。

到了萬(wàn)歷四十八年，秦良玉的白桿兵已與后金軍隊(duì)打了幾場(chǎng)硬仗，大大挫傷了后金兵的銳氣。這時(shí)，明神宗駕崩，明光宗繼位，光宗在位僅一個(gè)月就崩逝，又由明嘉宗登上了皇帝寶座。

前后幾個(gè)月時(shí)間，明廷頻繁易主。后金乘虛而進(jìn)，攻占了沈陽(yáng)，其氣焰十分囂張，秦良玉的大哥秦邦屏和弟弟秦民屏，為了搶回大明損失的國(guó)土，強(qiáng)渡渾河與后金兵激戰(zhàn)，無(wú)奈因寡不敵眾，秦邦屏戰(zhàn)死疆場(chǎng)，秦民屏身陷重圍。秦良玉聞?dòng)嵑螅H自率領(lǐng)百名白桿兵，渡河殺入重圍，拼死救出了弟弟，搶回了哥哥的尸體。其后，朝廷任命秦良玉為把守山海關(guān)的主將。

要塞山海關(guān)是東北通向內(nèi)地的必經(jīng)之路，后金軍屢次派重兵前來(lái)叩關(guān)挑戰(zhàn)，秦良玉都不為所激，只命部下加固防守，終使清兵無(wú)法得逞。一次，秦良玉的兒子馬祥麟帶兵巡關(guān)時(shí)，被敵軍的流矢射中一目，他忍痛拔出箭鏃，援弓搭箭向遠(yuǎn)處的敵人射去，連發(fā)三箭，射死三個(gè)敵人，后金將領(lǐng)大為震懼，從此不敢輕易再來(lái)山海關(guān)挑釁了。

短短的時(shí)間內(nèi)遭遇了兄亡子傷，秦良玉悲痛欲絕、肝腸寸斷，于是上書皇帝，陳述了自家軍隊(duì)作戰(zhàn)及傷亡情況，明嘉宗深為感動(dòng)，下詔賜予秦良玉二品官服，并封為誥命夫人，任命其子馬祥麟為指揮吏，追封秦邦屏為都督僉事，授秦民屏都司僉事之職，還重賞了白桿兵眾將士。

山海關(guān)戰(zhàn)事暫時(shí)平息了，于是秦良玉率部返回石柱。返回之時(shí)，正趕上永寧宣撫使奢崇明起兵叛亂，奢崇明的黨羽樊龍占據(jù)了重慶，聽(tīng)說(shuō)秦良玉帶兵回到了石柱，馬上派人攜金銀厚禮去與她聯(lián)絡(luò)，想請(qǐng)她共同舉兵；秦良玉大怒，當(dāng)即斬了來(lái)使，火速發(fā)兵，溯江西上趕到重慶，出其不意地打敗了樊龍的部隊(duì)，攻占了重慶。緊接著，她又率兵直赴成都，徹底擊毀了叛軍勢(shì)力。朝廷聞報(bào)后，授秦良玉為都督僉事，并任命她為石柱總兵官。