《慈悲三昧水懺》共上中下三卷，今收于《大正新修大藏經(jīng)》第四十五冊，卷前有《御制水懺序》(末署成于永樂十四年七月初一日)和《慈悲道場水懺序》。

其名稱中的“慈”意為予樂，“悲”意為拔苦；“三昧”本是定的意思，“三昧水”則是由迦諾迦尊者的三昧力加持而成的三昧法水，系指佛法的般若智慧甘露水，可以滌清眾生的業(yè)障；“懺”代表懺悔，指懺悔過去的業(yè)。

“慈悲三昧水懺”即指在慈悲清凈的定境中，以佛法的甘露水洗滌業(yè)障和內(nèi)心的煩惱，以現(xiàn)出拜懺者本來人性的智慧和福德。其正文的形式亦如其他懺法書，首先說明了建立水懺道場的意義及其功用，令修懺者發(fā)心皈依諸佛菩薩。其次舉懺悔文，令修懺者興起慚愧心、恐怖心、厭離心、菩提心、怨親平等心、念報佛恩心、觀罪性空心等七種心以懺悔煩惱障、業(yè)障、果報障等三障。懺悔終了，最后需以懺悔三障所生的功德回向施主與一切眾生。

在實際薰修方面，水懺的實用性更強，自唐末以后的一千多年來，水懺法會風(fēng)行各地，僧俗佛子都愛修此懺法，或自修，或請人代修，用來消災(zāi)祈福、超薦亡故親友或冤親債主，回向六道眾生。許多寺廟特別規(guī)定每月舉辦一次，以致現(xiàn)代只要提到佛教的懺悔法門，人們一般都會想到粱皇寶懺和水懺。