明清兩代，北京藥王廟最著名的有四座。

最大的系南藥王廟。在崇文門(mén)外東曉市大街路北。建于明末，相傳為武靖侯李誠(chéng)銘出資所建。清康熙年間重修，殿宇宏偉。奉祀伏羲、神農(nóng)、黃帝、孫思邈、韋慈藏。還有“三皇治世”以來(lái)的諸名醫(yī)：三皇時(shí)的岐伯、雷公，秦朝的扁鵲，漢朝的淳于意、張仲景，魏之華陀，晉之王叔和、皇甫謐、葛洪，唐朝的李景和。塑像道裝，儒服者不一。院內(nèi)有碑，皆恭順侯吳惟英所書(shū)。廟內(nèi)有一戲臺(tái)，為昔日酬神之所，臺(tái)上有匾額“道濟(jì)群生”四個(gè)字。舊時(shí)，每逢朔望各開(kāi)放一日。香火很盛，除夕夜至大年初一徹夜不斷，拜廟進(jìn)香者，多不得入廟，于廟外設(shè)香池?cái)?shù)處，焚香遙拜。歷年四月二十八日為藥王爺生日，在廟內(nèi)戲臺(tái)上演戲慶祝。

北藥王廟在舊鼓樓大街迤北，系明嘉靖年間（1522－1567）建立。廟內(nèi)有明末宰相洪承疇碑二。

三為后海藥王廟，在地安門(mén)外什剎海西，為明天啟年間（1621—1628）魏忠賢所建，沿堤傍柳，風(fēng)景甚佳。每逢朔望開(kāi)廟，燒香者眾多；

四為小藥王廟，在東直門(mén)大街路北，廟址狹小，僅一層殿，內(nèi)供藥王。平日不開(kāi)放。每年藥王生日則有不少香客前來(lái)燒香。廟內(nèi)外均有小商販，所售皆婦女日用小百貨和汽水、酸梅湯等清涼飲料。