原住民信仰的神靈，有創(chuàng)造宇宙的主神、自然神、精靈妖怪等幾種。創(chuàng)造宇宙主神是宇宙的創(chuàng)造者和主宰人類吉兇禍福之神，如布農(nóng)人的“利加寧”，曹人的“哈冒”，都是創(chuàng)造宇宙的最高主神。自然神是以廣大自然物和自然現(xiàn)象為對象之神，如日月、星辰、山川、風(fēng)云、雷電等，被認為具有偉大力量，可主宰人類禍福安危。原住民又常把自然神與司理神混淆合一，如認為山神就是狩獵神，河神就是漁澤之神等。司理神是掌管某一事務(wù)的神，阿美人、卑南人信這種神，已有人格化和系統(tǒng)化的傾向。司理神也有善惡之分，如山神、水神、風(fēng)神、雨神、谷神、獵神、家宅之神等為善神；疫神、瘴神等為惡神。精靈崇拜是萬物有靈的具體表現(xiàn)，原住民的精靈觀念，大都屬于泛神崇拜，又稱精靈崇拜，即認為宇宙之中，到處都充滿精靈。精靈的產(chǎn)生是由于恐懼，尤其是死亡，因為原始的生活環(huán)境充滿了危險，部族中很多人都不能隨自然凋謝而走完人生的旅程。

這類精靈的屬類，依各族的觀念不同而有深淺。素雅人、賽夏人、雅美人只有死亡的靈魂觀念而無精靈崇拜；曹人與布農(nóng)人則為創(chuàng)世紀神與靈魂觀念相混合；排灣人、卑南人與阿美人則有泛神崇拜的傾向，由于已將精靈人格化，所以排灣人有祖先與精靈的雕像。妖怪則是惡神的一種，排灣人、卑南人與阿美人認為有專使人得病或死亡的妖怪，具有怪異的形狀和性格。但各族常將鬼魂與精靈兩者的定義混淆不清。例如豐收祭的對象為祖靈，同時也是泛靈或物神。他們的祖靈是總括，而非對某一祖先個人的崇拜。

原住民信仰的神多是無形的，只部分有神位或神座。如泰雅人祭祀祖靈時，僅發(fā)出大聲，招降在天之祖靈。他們雖也有借某物為祖靈之寄托，或設(shè)置特殊建筑物作為祖靈臨時憑依、坐鎮(zhèn)之處的表現(xiàn)，但這些物或建筑本身并非神靈。加賽夏人有家傳之蜂巢，置于小藤籠內(nèi)懸掛于梁柱上，作為祖靈寄托之物。曹人四社群落有卵形小貝，是祖先從本島原住地分出時，分給各社的象征物，他們將卵形小貝置于小壺內(nèi)，上面蓋上石塊，在屋內(nèi)挖洞藏起來，每年以酒肉祭祖一次，他們認為這個小貝寓有祖靈。曹人阿里山群落在村社的入口處種植赤榕，作為祖靈臨時的住處。中部阿美人在屋內(nèi)繪有粗略的祖先肖像。排灣人、魯凱人則有象征祖靈的人體雕刻。在魯凱人、卑南人村社頭目家門前榕樹邊雕刻有祖先之人形木像或石牌，以為祭祀時祖靈降臨于此樹，祭祖即以榕樹旁的神牌為對象。南部排灣人在恒春一帶，僅僅立一塊未雕刻的石頭在榕樹旁作為神牌。