哈尼族主要信仰萬物有靈和祖先崇拜。所信神靈有天神、地神、山神、樹神、水神及鬼怪、魂靈等。宗教活動主要體現(xiàn)在節(jié)日、禁忌、念經(jīng)驅(qū)鬼方面。每寨都設(shè)有一個“追瑪”(寨主)，負責主持和管理宗教祭祀活動。還設(shè)有負責念經(jīng)驅(qū)鬼、開路送魂的“貝瑪”以及負責占卦，用巫術(shù)或草藥給人治病的“尼帕”。他們在組織宗教活動中可獲得實物或貨幣的報酬。

從前，哈尼族忌生雙胞胎、六趾(指)、缺嘴嬰兒，認為這類嬰兒是鬼胎，會給村寨和家庭帶來災難。因此，生育這類嬰兒的人或家族史上有生育過這類嬰兒的男子，不得參加追瑪選舉，這類嬰兒出生后也立即被處死，其父母也被視為是“不潔凈”的人被趕出寨門，燒毀房子、分掉糧食、現(xiàn)金。有錢人家出錢請“貝瑪”做9天大禮后，可留在寨內(nèi)，但從此不得參與宗教活動，一年內(nèi)無人與其交往。

中華人民共和國成立后，通過宣傳科學、醫(yī)學知識，加上1965年西雙版納傣族自治州第二屆人大第二次會議通過了《關(guān)于維護人民生命財產(chǎn)，保護嬰兒，禁止殺害雙胞胎和生理缺陷嬰兒的決定》，上述習俗逐漸被破除。