明代永樂年間，人們又將觀音殿擴(kuò)建為慈士院，形成了十分龐大的建筑群，疙瘩廟會(huì)也就成了當(dāng)?shù)厝耸譄嶂缘拿耖g祭拜活動(dòng)，清代還補(bǔ)建了玉皇閣和魁星樓等。院內(nèi)的木瓜樹，樹齡幾百年，軀干老態(tài)龍鐘，樹頂枝葉茂盛，自一瓦室出，十分獨(dú)特。而距此不遠(yuǎn)處有蛟城廟一座，廟內(nèi)有千佛碑彩塑神像數(shù)尊，明代殿堂一座。

據(jù)《靈臺(tái)縣志》記載，明代永樂年間的某個(gè)秋天，新開山上連續(xù)七個(gè)夜晚有野狐鳴叫不止，鄉(xiāng)人皆以為奇，遂向天卜卦，卦辭說佛國(guó)世界里發(fā)生了動(dòng)亂，南海觀音菩薩不愿加入到這場(chǎng)內(nèi)訌中去，遂化身南海大王巡游世間，普度眾生，路過靈臺(tái)時(shí)要在新開山上歇息，當(dāng)?shù)厝罕姙樗ㄒ蛔缊?chǎng)。鄉(xiāng)人多方籌資，在山上建起了這座慈士院，供奉觀音菩薩，所以在南海大王的手里有一只只有在觀音菩薩手里才能見到的玉凈瓶。

靈臺(tái)疙瘩廟主要建筑是三座大佛殿：正殿為南海堂，內(nèi)有南海大王和屬下眾仙各具形態(tài)的造像九座。南海大王面似滿月，兩眼如星辰，手捧紫金玉凈瓶，一襲藍(lán)色羅袍仿佛海水一樣純凈。八個(gè)隨從小仙各具情態(tài)，似乎聽到大王一聲令下，馬上就會(huì)從大殿上躍起，掃凈人間邪惡。正殿兩廂左有羅漢堂，十八羅漢個(gè)個(gè)威風(fēng)凜凜。右是講經(jīng)堂，南海大王坐在蒲團(tuán)上兩眼微閉丹唇輕啟，正在超度災(zāi)難深重的人們，身后八位小仙皆坐在下面，垂首靜靜聆聽。

據(jù)明代碑記，圪塔廟始建于永樂三年（1405年），后代多有添建或修茸，民國(guó)九年（1920年）六盤山脈大地震，部分建筑傾圮，后修繕。廟院占地30余畝，周筑圍墻，西開拱洞山門通其內(nèi)外。院內(nèi)為二層階地，建筑因地制宜，從拱洞山門起由西到東為中軸線，廟宇嵯峨，樓臺(tái)參差，飛檐斗拱，畫棟雕梁，其主要建筑有菩薩殿、圣母宮、關(guān)帝廟、藥王廟、文昌宮、魁星樓、玉皇樓、鐘鼓樓、佛陀殿、僧房、戲樓等數(shù)十座。廟堂內(nèi)塑像神態(tài)各異，大小上百尊，浮雕、壁畫技法精熟，栩栩如生。

然而不幸的是，圪塔廟在“文化大革命”中受到嚴(yán)重破壞，現(xiàn)存重要古建筑只有清代戲樓一座，位于山門內(nèi)右側(cè)，石砌高臺(tái)基，上建磚、土、木結(jié)構(gòu)硬山頂樓堂，面闊5間，高脊磚檐，宏偉猶存。玉皇樓一座，位廟院正中軸線上，高10丈，周方8丈。分上下兩層：下層筑磚砌方臺(tái)，中開拱形東西向過洞，上層筑歇山頂，木構(gòu)亭堂，四柱四枋，飛檐挑角，周帶回廊。

整座建筑典雅峻秀，據(jù)亭堂內(nèi)壁畫款識(shí)，系清乾隆時(shí)繪就。院內(nèi)現(xiàn)有松、柏、榆、槐、楊、桃、杏等各種樹木上百棵。尤其原菩薩殿前現(xiàn)存德者棵木瓜樹，胸徑達(dá)到了30多厘米，龍鐘軀桿依墻挺拔，樹冠卻逢春而發(fā)，年年枝葉繁茂，難怪民間有“先有木瓜樹，后有圪塔廟”的說法，這棵木瓜樹樹齡已逾500年之久，可謂奇觀。廟內(nèi)還存有明、清碑、碣石刻文物十余件，記載著這座佛道合一的宗教勝地?cái)?shù)百年來的滄桑變遷。