極度貧困的農(nóng)民時(shí)常起而反抗。有時(shí)候是針對(duì)封建領(lǐng)主，有時(shí)候直接針對(duì)幕府當(dāng)局。德川時(shí)代的256年間，此類農(nóng)民起義不下1000次。他們一般不反對(duì)沉重的40％的賦稅，而是抗議在這個(gè)基礎(chǔ)上又增加的賦稅。因?yàn)闊o(wú)法忍受，他們成群結(jié)隊(duì)地涌向藩主，但請(qǐng)?jiān)负筒门卸际怯兄刃虻?。農(nóng)民們寫(xiě)好請(qǐng)求免除苛政的請(qǐng)?jiān)笗?shū)，遞交藩主內(nèi)臣；如果請(qǐng)?jiān)笗?shū)被扣壓或者領(lǐng)主不予理睬，他們便派代表去江戶把狀子呈送給幕府將軍。在一些著名的起義中，農(nóng)民在江戶城內(nèi)攔截幕府高官的車(chē)駕，確保狀子不被扣壓。農(nóng)民此舉風(fēng)險(xiǎn)很大，幕府首腦一般首先解決當(dāng)前問(wèn)題，而后則追究農(nóng)民領(lǐng)袖。一般而言，幕府的判決有半數(shù)傾向于農(nóng)民的利益。當(dāng)局看來(lái)，農(nóng)民的請(qǐng)?jiān)缚赡苷?dāng)也可能是無(wú)理取鬧，需要評(píng)判，而且正當(dāng)?shù)囊髴?yīng)該尊重。但是，農(nóng)民起義的領(lǐng)袖則已觸犯等級(jí)制度的嚴(yán)峻法令。即使判決傾向于農(nóng)民，但農(nóng)民領(lǐng)袖應(yīng)該判處死刑，斗爭(zhēng)的目的再正確也必須死。甚至農(nóng)民領(lǐng)袖自己也承認(rèn)這種無(wú)法改變的命運(yùn)。被處死的人是農(nóng)民的英雄，人們聚集刑場(chǎng)，目睹首腦們被投入油鍋、砍頭或者釘上木架。他們不會(huì)暴動(dòng)，而是在事后建祠堂，把領(lǐng)袖們作為殉難烈士供奉起來(lái)。他們很清楚這樣做很殘忍，不公平，但法令和秩序是他們賴以生存的核心，必須接受。

多年來(lái)幕府一直努力鞏固各藩的等級(jí)結(jié)構(gòu)，使每一個(gè)階級(jí)都依靠封建領(lǐng)主。大名在每個(gè)藩中處于最高地位，將軍在行政上的最主要任務(wù)就是控制大名。他采取一切手段防止大名間結(jié)盟，甚至未經(jīng)將軍許可，大名不許互相通婚。各個(gè)領(lǐng)地之間經(jīng)商受到嚴(yán)重阻礙，哨卡林立，彼此甚至不準(zhǔn)架橋。幕府嚴(yán)禁大名“出女入炮”，就是私運(yùn)婦女或者偷運(yùn)武器入境。將軍還派了許多密探了解各個(gè)大名的財(cái)政狀況，一旦某個(gè)大名金庫(kù)充實(shí)，將軍就會(huì)要求他承擔(dān)大型的土木建筑工程，把他多余的錢(qián)全都花掉。各種規(guī)定中最有名的一項(xiàng)就是，每年之中，大名必須在京城住上半年，當(dāng)他返回自己的領(lǐng)地時(shí)，也必須把妻子留在江戶，作為將軍手中的人質(zhì)。幕府費(fèi)盡心機(jī)保護(hù)自己的權(quán)力地位，使日本保持基本的平靜，沒(méi)有走向中國(guó)改朝換代的輪回。

當(dāng)然，將軍不是這個(gè)等級(jí)制金字塔的尖端，他是奉天皇之命來(lái)掌權(quán)的。天皇才是最高等級(jí)，但他和他的宮廷世襲公卿貴族隱居在京都，沒(méi)有實(shí)際權(quán)力。天皇的收入甚至比不上最小的大名，宮廷的一切儀式都由幕府嚴(yán)格制定。盡管如此，有權(quán)有勢(shì)的德川將軍也沒(méi)有廢掉天皇。他把他隱藏得如此隱秘，德川幕府即將崩潰的時(shí)候，打開(kāi)日本大門(mén)的佩里將軍也沒(méi)有想到將軍的背后還有一位天皇。美國(guó)第一任駐日使節(jié)哈里斯于1858年和日本談判第一個(gè)通商條約時(shí)，也得依靠自己去發(fā)現(xiàn)天皇的存在。