為了進一步限制猶太人，1215年由羅馬教皇英諾森三世召開的第四次拉特蘭公會議明確禁止猶太人和基督徒居住在同一區(qū)域，命令所有猶太人穿上特殊服裝，佩戴特殊標志。在英諾森三世的一些訓諭中聲稱對猶太人的指控是一種無可爭辯的真理。12世紀初對猶太人的職業(yè)還作出了規(guī)定，只允許他們從事一些被認為是可鄙的行業(yè)，如放高利貸等，從而在宗教敵視基礎上又增加了職業(yè)上的敵視。1348個歐洲流行黑死病，先后有1/4的歐洲人在這場瘟疫中喪生。據(jù)現(xiàn)代科學研究表明那是一次可怕的流行性鼠疫。猶太人無端被指控為了害死基督徒而在水井里投毒所致。其實許多猶太人和基督徒一樣也染上鼠疫后死于這場哭難中。指控的結果，無數(shù)猶太區(qū)被搗毀；數(shù)以千計的猶太人被殺害。在日耳曼國家中，許多城市里的猶太人被全部殺光。驅趕是猶太人遭到的另一種迫害形式。法國從n82年到土394年期間曾發(fā)生過六次驅逐事件。其他國家如西班牙、英國、德國和意大利等地曾多次發(fā)生類似事件，其中14912年發(fā)生在西班牙的因強迫猶太人改宗的驅逐事件規(guī)摸最大，10多萬猶太人被趕出：生活了1000·多年的寄居國。幾年后，葡萄牙也驅逐了境內(nèi)所有的猶太人。

生活在西亞、北非地區(qū)穆斯林國家的猶太人相對來說處境要好一些，但猶太人由于拒絕承認穆罕默德是上帝的使者和先知，因此也受到許多迫害。倭馬亞王朝曾規(guī)定猶太人必須佩戴標志，帽子上貼黃布條，身上懸掛鑄有非信徒宇櫸的銀幣。婦女要穿兩只顏色不一樣的鞋，一紅一黑，鞋上還得系有小鈴鐺，走路時叮當作響，以便讓人從很遠處就能聽到她們走過來的聲音。法蒂瑪王朝的哈里發(fā)曾強制猶太人在脖子上掛一件重五磅的物體，以使他們回憶起他們祖先曾崇拜過的金牛犢。在穆斯林國家里，猶太人還必須交納人頭稅。

猶太人，尤其是基督教國家里的猶太人比較集中在一種特定的猶太區(qū)里或隔離區(qū)里。為了保持自己的信仰和習俗，為了避免因作為猶太人而遭禍害，猶太人往往愿意與不同信仰的居民分開來居住。在城市里常常形成一種專門的猶太區(qū)或猶太街。但后來在更多的情況下，猶太人被迫遷入隔離區(qū)里。這種隔離區(qū)叫隔都(ghetto)，它是排斥猶太人的一種形式，主要出現(xiàn)在基督教國家，排猶的結果是猶太人在政治、社會、經(jīng)濟以及文化生活各方面被排斥在主流社會以外，與非猶太社會的交流渠道遭到堵塞，只能被迫生活在與世隔絕的隔都中。把猶太人與基督徒分隔開來，這是自中世紀以來基督教教會對付不肯接受洗禮的猶太人的一貫方針。到十四五世紀，歐洲普遍對猶太人采取強行隔離的做法。最早出現(xiàn)隔都的城市是意大利的威尼斯。

l516年市政當局將全市猶太人驅入一座原制造槍炮的工廠內(nèi)，‘使它與外界隔絕。這種辦法和經(jīng)驗后來被其他國家仿效。通常，隔都四周筑有大墻，管理極嚴，出入口的大門有基督徒看守，每天夜間，每逢安息日、猶太節(jié)慶和基督教節(jié)日都得上鎖。按羅馬教庭的法令，猶太人在夜晚和基督教節(jié)日期間是不允許跨出隔都一步。隔都的出現(xiàn)雖是對猶太民族的一種歧視和羞辱，但從另一方面來說，它卻促進了猶太人的集體生活，猶太教律法和倫理道德準則在這里得到了最嚴格的遵守，最終為保護猶太人的宗教信仰和民族團結作出了巨大的貢獻。

19世紀中葉以后歐洲掀起了新的反猶高潮，尤其是德國和法國，反猶主義已成為這些國家政治生活中的一個普遍現(xiàn)象，成為政治家們爭取中下層人民支持的一種口號和手段。猶太人再次成為全社會厭惡和憎恨的焦點。種族主義者聲稱猶太人是劣等民族。

在法國，猶太人成了共和黨人和保守黨人爭奪政權和吸引支持者的犧牲晶。保守黨人德律蒙在《法國猶太人》一書中把法國的經(jīng)濟蕭條和社會貧困歸罪于猶太人，聲稱猶太人陰謀消滅基督徒，奪取世界統(tǒng)治權。該書在10年內(nèi)竟重印了140多版，其影響之大可想而知。為了推動反猶主義，挑起民眾反猶情緒，1894年12月法國制造了一起誣告青年猶太軍官向德國人出售軍事秘密的“德雷福斯案件”。在反猶宣傳的鼓動下，猶太人開辦的商店遭到搶劫，猶太人遭到圍攻，“殺死猶太人!”的口號聲回蕩在巴黎街頭。人們不斷提出要求政府把猶太人驅逐出法國。

在俄國，1881年3月沙皇亞歷山大二世遇刺身亡，人們懷疑是猶太人所為，于是掀起了有組織、有計劃的集體迫害猶太人的浪潮。1882年《五月法令》給猶太人規(guī)定了種種新的限制。不斷出現(xiàn)的反猶暴行使幾十萬猶太人逃離家園，遠走美洲。